該廟南北寬59米，東西長(zhǎng)84米，兩進(jìn)院布局。遒勁有力的“三皇廟”額匾鑲嵌于始建山門(mén)的門(mén)額上。中軸線建有樂(lè)樓、三皇殿。頭院南建碑廊一處，北角設(shè)掖門(mén)，為一、二進(jìn)院出入通道。兩進(jìn)院自然地平落差較大，故掖門(mén)前設(shè)踏步緩解。二進(jìn)院三皇正殿座西向東，殿內(nèi)正面供奉太昊伏羲、神農(nóng)炎帝、軒轅黃帝，兩側(cè)配祀古代十大名醫(yī)，南北山墻繪有與名醫(yī)有關(guān)的故事。壁畫(huà)色彩明艷，線條清晰，兩側(cè)耳殿左供財(cái)神，右奉牛馬王。正殿門(mén)額上高懸木刻“三皇廟”豎匾一塊，為明嘉靖進(jìn)士四川按察使邑人梁明翰贈(zèng)。丹墀下古松參天，旗桿懸斗分豎正殿左右。南北兩側(cè)廡廊各一排，現(xiàn)制鐘鼓分置其中。
  
  大殿對(duì)面是明清以來(lái)幾經(jīng)重建的樂(lè)樓，做工考究，雕刻華麗，高懸民國(guó)八年所刻額匾一塊。-凸體金字“海市蜃樓”，由晚清書(shū)法名家秦龍光所書(shū)。樂(lè)樓天花板彩繪梁山好漢一百零八將，神彩各異，栩栩如生。前后臺(tái)間，鑲嵌彩繪大塊玻璃為整座戲臺(tái)增添光彩，時(shí)有“玻璃戲臺(tái)”的美譽(yù)，曾形成邑內(nèi)外“為看戲臺(tái)而看戲”的時(shí)尚。